Objawy gorzkiej plamistości podskórnej pojawiają się już w sadzie w czasie sezonu wegetacyjnego lub dopiero w czasie przechowywania owoców. Są to drobne, lekko zagłębione ciemno zielone (po stronie zielonej jabłka) lub czerwonawe (po stronie z rumieńcem) plamki pojawiające się głównie po stronie kielichowej jabłka. Z upływem czasu pod powierzchnią plam miąższ ciemnieje, schnie i korkowacieje.

W zależności od zaawansowania choroby plamy mogą pokryć praktycznie całą powierzchnię owocu. Są odmiany u których zmiany miąższu spowodowane chorobą pojawiają się tylko w głębszych warstwach jabłek i widoczne są dopiero po przekrojeniu owocu.