Jest to choroba grzybowa. W początkowej fazie choroba objawia się nasiąkniętymi wodą zmianami, najczęściej z białym środkiem. Z czasem brzegi te przybierają kolor purpurowy lub brunatny. Szczypior zaczyna żółknąć poniżej i powyżej zmian. W miarę postępu choroby liście załamują się i rozpoczyna się proces ich zamierania.

Objawy dokładnie takie same jak na liściach. Łodygi z czasem przełamują się co powoduje zasychanie nasion.

Z czasem porażona zostaje również cebula. Odbywa się to poprzez szyjkę. Gdy grzyb zaatakuje cebulę to miejsce to zaczyna przybierać jaskrawożółtą barwę, która z czasem zmienia się w kolor czerwonego wina, co jest objawem charakterystycznym dla Alternariozy cebuli. Grzyb ten zimuje w pozostałościach szczypioru i w sosach odpadów. Rozwija się najbardziej intensywnie, gdy liście długo pozostają mokre. Infekcja rozwija się od 1 do 4 dni.